En el desenvolupament del monaquisme benedictí a Catalunya, Sant Cugat hi té un paper rellevant a partir de finals del segle XI. El pes polític que li atorga el fet de ser un dels majors senyorius monàstics i la proximitat a la cort comtal el situen al centre de molts dels canvis i reformes que tenen lloc en l’àmbit eclesiàstic. Els interessos polítics dels comtes de Barcelona l’afavoreixen i ocupa un lloc preeminent dins de l’Església catalana.
A finals del segle XI, Sant Cugat, com molts altres monestirs benedictins, viu un període convuls. La coincidència d’interessos del papa Urbà II, disposat a lliurar una forta batalla contra la intromissió dels laics a l’Església, i el comte Ramon Berenguer II, decidit a tallar la implicació de la noblesa feudal en els vells monestirs i en les noves fundacions de les terres de frontera, suposa la vinculació dels monestirs catalans a abadies de la Provença i el Llenguadoc, filials de Cluny. Sant Cugat és sotmès l’any 1089 a Sant Ponç de Tomeres com també ho foren Sant Benet de Bages (1074) o Sant Llorenç del Munt (1088). L’episodi, de molta tensió, comporta l’expulsió dels monjos de Sant Cugat i la confiscació de la seva documentació. Però, a diferència de la majoria d’abadies, Sant Cugat només resta sota la submissió cluniacenca durant un curt període de temps, uns tres anys, mentre que Santa Maria de Ripoll restà sota Sant Víctor de Marsella durant un segle (1070-1169).
Deslliurada de Sant Ponç de Tomeres, l’abadia, amb el suport de Ramon Berenguer III, l’any 1097 esdevé el centre de la primera congregació de monestirs catalans. Sant Cugat, seguint el model jeràrquic de Cluny, aplega sota la seva subjecció els monestirs de Sant Llorenç del Munt, Santa Cecília de Montserrat, Sant Salvador de Breda i Sant Pau del Camp, i forma així un dels dominis eclesiàstics més grans dels comtats catalans. Si fins aleshores l’abadia ha tingut un paper secundari en el monaquisme català, liderat des del segle IX per Ripoll i Cuixà, a partir d’ara Sant Cugat esdevé un referent essencial. La congregació de Sant Cugat es manté vigent fins al 1215, quan al Concili IV del Laterà Innocenci III inicia la reforma dels benedictins i estableix la creació d’una sola congregació monàstica per a tota la província eclesiàstica de la Tarraconense. El 1229 es crea la Congregació Claustral Tarraconense, de la qual Sant Cugat és un dels monestirs fundadors i a la qual pertany fins al 1835.