A finals del segle XVII, inicis del segle XVIII,, així com s’introdueixen canvis importants en l’església. La quarta nau es divideix en tres capelles dedicades a Sant Bartomeu, Sant Benet i Santa Escolàstica, que són ornades amb grans retaules barrocs. També es reforma la capella de la Pietat, sota l’orgue.
Després de la guerra de Successió, la repressió sobre les fortificacions catalanes porta a esmotxar algunes torres de la muralla i sobretot a alterar la façana de l’antic Castell d’Octavià amb l’obertura de finestres i balcons, convertint-lo en un Palau Abacial. L’abat Llupià (1728-36) edifica sobre el seu pati gòtic i cobreix l’antiga escala, plantificant el seu escut heràldic en el nou portal d’accés.
Anys després, l’abat Bonaventura de Gayolà emprèn un ambiciós programa de reformes. Acaba el campanar i fa fondre tres campanes noves, traslladant-hi, també, les campanes del rellotge que fins llavors havien estat sobre el cimbori. Enrajola l’església amb cairons i les antigues lloses de pedra son aprofitades per pavimentar la llotgeta o plaça prèvia al temple. Transforma l’antiga capella de Tots els Sant en l’actual sagristia, on fa bastir un rentamans de marbre. Davant l’estat ruïnós de la Sala capitular gòtica, en construeix una de nova en l’espai de l’antiga cuina i part del refetor, llavors en desús i transforma aquella en un panteó de monjos, encara que ell serà enterrat en el cor de l’església.
En temps de l’abat Eustaqui d’Azara (1782-88), es tapen els vells fossats perimetrals de les muralles i es dobla el recinte claustral amb l’edificació d’una nova tàpia perimetral que inclou els horts privats de diferents càrrecs monàstics. Finalment, l’abat Josep Gregori de Montero (1788-1815) porta a terme la gran reforma del presbiteri de l’església amb paviments de marbre i la balustrada neoclàssica.