Amb l’exclaustració del 1835, les dependències monàstiques perden la seva funció. Des d’aleshores el futur del conjunt es teixeix amb l’esforç per conservar el monument i l’oportunitat d’assignar nous usos al servei de la població.
En paral·lel als primers anys d’abandonament i espoli, l’Ajuntament de Sant Cugat manifesta de seguida el seu interès pel Monestir. En la dècada del 1840, s’oposa a la venda dels claustres com a material d’obra i la conversió del terreny en solars, i aconsegueix de l’Estat la cessió del domini útil de la mina d’aigua, l’església i el Palau Abacial per a parròquia i rectoria, dels claustres per conservar-los i dotar-los d’usos públics, i els horts dels monjos per poder assumir aquest compromís amb el seu arrendament. Però les finances municipals són insuficients per abordar la conservació dels claustres i l’actuació dels altres implicats en la conservació, la Comisión Provincial de Monumentos i el Bisbat de Barcelona, també és limitada. Sigui com sigui, a més de reparacions senzilles, s’hi fan obres de més envergadura, com el tibament de les voltes de la galeria nord del Claustre per l’arquitecte Elies Rogent, el 1852, i el cimbori per Villar Lozano, el 1890. Dins del recinte monàstic s’hi ubiquen el cementiri municipal i l’escorxador, i dins dels claustres, l’escola pública i les cases consistorials un breu període de temps.
A finals del segle XIX creix l’interès pel monument i es produeix una certa pressió mediàtica a causa del mal estat de l’església. El 1902 es crea la Junta Restauradora del temple del Monestir, que ven la taula del martiri de sant Cugat a la Junta de Museus de Catalunya per poder finançar la restauració de l’església, així com altre patrimoni moble.
El 1931 el Monestir és declarat Monument Nacional i la Generalitat de Catalunya emprèn noves intervencions al Claustre posant sobre la taula, per primer cop, el potencial arqueològic del conjunt amb la troballa de la basílica paleocristiana. La Diputació de Barcelona durant el franquisme i la Generalitat de Catalunya arran de la restauració democràtica continuen desplegant campanyes d’intervenció arquitectònica i arqueològica al monument, sota la mirada de successius patronats que impliquen la societat civil. L’església i el Palau Abacial han mantingut les funcions parroquials, però el Claustre ha acollit nous usos i, entre d’altres, ha estat l’Escola de Pintura Mural (1962-1985), la Facultat de Filosofia i Lletres de la Universitat Autònoma de Barcelona (1968-1972) i el Centre de Restauració de Béns Mobles de Catalunya (1981-2003).
El 2003 es dona un nou pas en la definició del monument. L’Ajuntament culmina un pla director al Monestir amb la creació del Museu de Sant Cugat al Claustre, amb l’objectiu de posar en valor el monument i la història del municipi. Uns anys més tard assumeix la propietat plena del conjunt. Avui dia l’ús parroquial del temple perpetua la tradició cristiana al Monestir i l’ús cultural del monument en vol fer un espai d’admiració i de coneixement per a la ciutadania.