El juliol de l’any 985 es produeix el saqueig d’al-Mansur al Comtat de Barcelona. Una part de la comunitat monàstica, alertada, busca refugi a la ciutat. Tot i així, l’abat Joan i alguns dels monjos moren i el Monestir és saquejat. Es desconeix l’abast real de la destrucció dels edificis monàstics, però hi ha dades relatives a la crema de l’arxiu i la pèrdua dels documents que proven les propietats monàstiques.
Un dels monjos supervivents, Odó, és escollit nou abat i assumeix la tasca de fer remuntar de nou el Monestir. I en aquesta tasca excel·leix, atès que el situa en el centre preeminent de l’organització territorial i de poder del Comtat de Barcelona. Provinent d’una família noble, Odó forma part de la cúria dels comtes de Barcelona i és un dels homes de la seva màxima confiança. L’any 995 és nomenat bisbe de Girona, càrrec que exerceix simultàniament amb el d’abat. Aquest vincle amb la noblesa i el poder polític serà una constant al Monestir i el puntal per afermar els seus dominis.
Odó viatja amb el comte Borrell a la cort del rei Lotari (Compiègne, França) l’any 986 i n’obté un precepte de confirmació de les propietats i de la immunitat que garanteix la independència de l’abadia envers l’autoritat comtal i episcopal. El 1002 viatja amb Ramon Borrell a Roma, on aconsegueix del papa Silvestre II la nulla diocesis, una condició que deslliura el Monestir del bisbat i el vincula directament a Roma en l’àmbit eclesiàstic, amb la qual cosa es referma la lliure elecció de l’abat. El 1007 obté de Joan XVIII una nova butlla en el mateix sentit.
D’altra banda, Odó desplega totalment la política de configuració del sòl patrimonial del Monestir iniciada per l’abat Joan. Concentra l’adquisició de propietats a l’entorn geogràfic proper (Sant Cugat, Cerdanyola, Ripollet i Reixac) i estableix la base en què es fonamenta el poder econòmic de l’abadia.
Alhora, inicia la renovació del conjunt monacal amb la construcció d’una nova església, un claustre i el campanar, sota la direcció del mestre Fedanci. Aquest nou monestir s’ajusta ja a la disposició arquitectònica dels monestirs benedictins, amb les dependències a l’entorn d’un pati quadrat, el Claustre.
La seva obra sempre és recordada i respectada al Monestir. A començaments del segle XIV, per preservar-ne la memòria els seus successors construeixen una tomba monumental que avui dia es pot visitar dins de l’església del Monestir.