Al segle XIII el Monestir assoleix el punt àlgid de creixement i, alhora, comença a donar senyals de debilitat pel que fa a la gestió tant de la mateixa comunitat com de les propietats. Per posar ordre en aquests dos eixos, en la dècada del 1220 s’inicien dos compendis manuscrits, els quals actualment són dos fonts excepcionals per entendre el funcionament del Monestir. Es tracta del Costumari i el Cartulari de Sant Cugat, que avui dia es conserven a l’Arxiu de la Corona d’Aragó.

El Costumari recull per escrit l’organització del Monestir en tot allò relatiu al dia a dia de la vida dels monjos, la celebració de la litúrgia i les tasques dels diferents càrrecs monàstics en l’administració del Monestir. Els preceptes benedictins, d’ordre ampli, assoleixen aquí el nivell de concreció necessari per a la vida del monjo de Sant Cugat. El volum es redacta entre els anys 1221 i 1223 per encàrrec de l’abat Ramon de Banyeres al monjo Pere Ferrer, el qual coneix bé la vida al Monestir perquè hi ha ingressat de petit (1174), hi ha tingut càrrecs de responsabilitat i sembla que gaudeix del respecte de la comunitat pel seu bon judici. El Monestir passa aleshores per una situació irregular, amb una comunitat dividida quant a la gestió del Monestir, l’observança de la regla i les relacions amb el bisbat. Juntament amb l’esperit de reforma impulsat des de Roma, l’objectiu del Costumari és preservar els costums de Sant Cugat i frenar la relaxació de la disciplina monàstica.

El Cartulari és un còdex monumental que reflecteix la història de les relacions entre l’abadia i els seus tinents, el procés de formació del gran domini senyorial. Entre els anys 1225 i 1249 els monjos de Sant Cugat copien de manera íntegra en 424 folis de pergamí 1120 escriptures datades entre els anys 904 i 1249: són privilegis reials, butlles papals, donacions, contractes agraris, pactes feudals, sentències judicials que donen fe de la legalitat del domini de l’abadia. La seva confecció, durant l’abadiat de Pere d’Amenys, té com a rerefons la gran davallada de la renda del Monestir entre finals del segle XII i principis del segle XIII, a causa de les males collites i de la fugida de molts dels seus tinents cap a les terres de la Catalunya Nova. En aquest context, el Monestir es veu obligat a reordenar l’administració i la captació dels censos i a fer recompte dels drets que en concepte de jurisdicció i propietat pot exigir als seus homes. Pel contingut i l’extensa cronologia que presenta, el Cartulari de Sant Cugat ha esdevingut el més important dels cartularis monàstics de Catalunya.