Durant l’època moderna, el paper del Monestir i els seus abats en dos episodis clau de la història del país, la Guerra dels Segadors i la Guerra de Successió, dona compte dels vincles entre l’abadia i la vida política i social del Principat.
L’assignació de càrrecs abacials durant la Guerra dels Segadors (1640-1652) il·lustra molt bé l’ús que en fa la monarquia. Amb la revolta catalana, el país es posa sota la protecció de França. El 1642 Lluís XIII escull el frare agustí Gaspar Sala com a abat de Sant Cugat. Sala, destacat ideòleg de la revolta, ha escrit La proclamación católica, l’obra més representativa de la propaganda política catalana d’aquella època. Hi lloa la cultura catalana, critica la política castellana a Catalunya i justifica la posició política del Principat i un acostament a França. El 1652 s’exilia a Perpinyà seguint la retirada de les tropes franceses. El 1656 Felip IV de Castella escull Gispert d’Amat com a abat, per premiar la seva fidelitat. Amat ja ha estat monjo de Sant Cugat i és aleshores abat de Sant Pere de Galligants. Partidari de Felip IV, havia estat empresonat acusat de conspiració contra les autoritats franceses, sota les quals estava Catalunya. Amb motiu dels acords del Tractat dels Pirineus, el 1662, Amat renuncia a l’abadia de Sant Cugat per assumir la de Ripoll. I Sala recupera la de Sant Cugat, tot i que mai no torna al Monestir i el governa mitjançant vicaris generals.
La Guerra de Successió (1702-1715) comporta un revés notable per al preeminent poder polític del Monestir. L’abat Baltasar de Muntaner és l’ambaixador de la Generalitat que va a Lleida a rebre el nou rei Felip V i l’acompanyà a Barcelona. Assisteix a les Corts de 1701 i li jura fidelitat. El 1705, les tropes de l’arxiduc Carles assetgen Barcelona i el príncep de Darmstadt i Lord Peterborough ocupen el monestir com a lloc de comandament, amb part de les seves tropes. Presa la ciutat, l’abat Muntaner marxa a l’exili a Madrid fidel al rei que considera legítim, el qual el premia primer amb el bisbat de Vic i més tard amb l’arquebisbat de Mèxic. El 1713 Carles d’Àustria escull com a abat de Sant Cugat Antoni de Solanell, partidari seu. Però un cop acabada la guerra, amb el triomf de Felip V aquest ordena mesures repressores contra Sant Cugat. En relació amb Solanell, segresta les rendes de l’abadia i, tot i que no pot desposseir-lo del càrrec, l’expulsa del Monestir. L’abat és acollit a Sant Jeroni de la Vall d’Hebron, des d’on dirigeix el Monestir de Sant Cugat fins que hi pot tornar el 1726, pocs abans morir. Pel que fa al mateix Monestir, Felip V ordena l’enderroc d’una part dels elements defensius – el matacà i les torres d’entrada – dins el programa de destrucció de fortificacions catalanes.