El 26 de juliol de 1835, els darrers monjos de Sant Cugat abandonen el Monestir per sempre i posen fi a mil anys de vida monàstica. Uns dies enrere ha esclatat una forta revolta anticlerical amb assassinats de religiosos a Reus i crema de convents a Barcelona. El 25 de juliol, aleshores diada del sant titular, se’n fa la celebració amb la pompa habitual. El 26 al matí arriba la notícia de la crema de convents i, malgrat l’alarma generada, es decideix celebrar la missa. Ja només hi queden cinc monjos d’una comunitat de quinze. A la tarda el clima de tensió va creixent fins que els monjos no suporten més la pressió i fugen cadascú pel seu compte. A la nit es produeix l’assalt al Monestir, s’incendia el forn de pa i la pabordia major i s’inicia el saqueig que continuarà als dies següents. Desapareixeran béns mobles i elements constructius, i es destrossen protocols notarials i documents de l’arxiu. El testimoni de Felip d’Alemany, que amb 25 anys és un dels darrers monjos d’abandonar el Monestir, és revelador respecte a l’experiència viscuda per una comunitat aliena als canvis del món.
L’extinció dels monestirs, però, s’estava gestant de temps enrere. Els canvis de mentalitat introduïts per la Il·lustració en l’anomenat segle de les llums, el segle XVIII, aporten la llum de la raó contra la foscor de creences atàviques i posen en qüestió l’ordre establert. Les estructures de l’Antic Règim, com l’Església i el monacat, comencen a trontollar, però es mantenen fermes en l’autodefensa. L’Oración fúnebre escrita pel frare Benet de Moixó el 1789 n’és un clar exemple. Enfront de les demandes de supressió dels monestirs, desplega un al·legat a favor de la institució monàstica i de la seva contribució a l’Església i a la societat com a reducte de santedat, virtut i saviesa. Però el cert és que els monjos han deixat de ser, als ulls d’una part de la societat, un model espiritual. En el pla més terrenal, la ideologia predominant entre el clergat i la seva estructura econòmica xoca amb les aspiracions de la revolució liberal i burgesa. Els ordes monàstics són considerats improductius, i els privilegis antics els permeten acaparar terres que no rendeixen prou i els eximeixen d’impostos. El 1820, durant el Trienni Constitucional, es produeix el primer intent seriós d’exclaustració. A Sant Cugat sembla que la majoria de monjos es queda al Monestir, fins que al 1824 s’hi reprèn la vida monàstica amb normalitat després que Ferran VII derogui l’ordre. Però la marxa dels monjos el juliol del 1835 és definitiva. Uns mesos més tard ve el decret d’exclaustració, i el febrer del 1836 la desamortització de Mendizábal, per la qual els béns dels convents suprimits són declarats “béns nacionals” propietat de l’Estat. El Monestir resta abandonat i és objecte d’espoli fins que el 1838 l’Estat en pren possessió formal.