En el procés de configuració de la monarquia absoluta, el control de l’Església esdevé un dels eixos essencials de la política dels monarques, cosa que afecta d’una manera directa el govern dels monestirs. La submissió a Roma deixa pas, a partir del segle XVI, a la submissió a la reialesa, que manté el privilegi d’elecció d’abat fins al darrer moment de l’exclaustració, el 1835. Els primers intents d’intromissió de la reialesa al Principat es produeixen durant el regnat de Ferran II, que l’any 1493 sostreu de la Congregació Claustral Tarraconense l’abadia de Montserrat per subjectar-la a la Congregació de l’Observança de Valladolid. Aquest canvi, fet amb l’excusa de la decadència espiritual de l’abadia, amaga un intent més ambiciós de reforma de la Congregació. Tanmateix, a partir de la cessió del dret de patronatge –dret de presentar els aspirants a les dignitats eclesiàstiques– per part del papa Adrià VI al rei Carles I, el 1522, es fa plenament efectiva la subjecció dels monestirs a la reialesa.
Lluís de Cervelló, designat per Felip II l’any 1561, és el primer abat de Sant Cugat d’elecció reial. La intervenció del rei en el regiment de l’Església, més enllà de les intencions reformadores, va acompanyada de motivacions estratègiques i econòmiques. El nomenament d’abats afins a les seves polítiques reforça la monarquia. D’altra banda, Felip II i els seus successors practiquen un espoli sistemàtic de la renda monàstica en mantenir durant anys aturat el nomenament d’abats, atès que les rendes que pertoquen a l’abadia són sostretes dels monestirs i passen a la hisenda reial durant els períodes vacants. El dret de nomenament, tal com succeeix durant el període de subjecció a Roma, també permet la fugida d’un bon nombre de rendes cap a la cort, a través dels abats escollits pels monarques. Igual que en la majoria de monestirs, el descontentament de Sant Cugat contra aquesta pràctica, expressat reiteradament en els capítols de la Congregació Claustral, es mostra també a través de la seva adhesió a la Diputació del General durant la Guerra dels Segadors (1640).
Una manifestació artística i simbòlica del patronatge reial sobre el Monestir es conserva avui dia a la capella de sant Benet. Acompanyant la imatgeria entorn del fundador de la regla benedictina hi ha els retrats dels reis de la casa d’Àustria i el seu emblema de les àligues bicèfales protegeix l’escut dels monestir, un castell, símbol del seu poder jurisdiccional. Després del canvi dinàstic s’afegiran els lleons borbònics en igual actitud defensiva.