En el desarrollo del monaquismo benedictino en Cataluña, Sant Cugat tiene un papel relevante a partir de finales del siglo XI. El peso político que le otorga el hecho de ser uno de los mayores señoríos monásticos y la proximidad con la corte condal, lo sitúan en el centro de muchos de los cambios y reformas que tienen lugar en el ámbito eclesiástico. Los intereses políticos de los condes de Barcelona lo favorecen y ocupa un lugar preeminente dentro de la Iglesia catalana.
A finales del siglo XI, Sant Cugat, como otros muchos monasterios benedictinos, vive un periodo convulso. La coincidencia de intereses del papa Urbano II, dispuesto a librar una fuerte batalla contra la intromisión de los laicos en la Iglesia, y el conde Ramón Berenguer II, decidido a cortar la implicación de la nobleza feudal en los viejos monasterios y en las nuevas fundaciones de las tierras de frontera, supone la vinculación de los monasterios catalanes con las abadías de la Provenza y el Languedoc, filiales de Cluny. Sant Cugat, junto con Sant Pere de Rodes y Sant Benet del Bages, es sometido en 1089 a Sant Ponç de Tomeres. El episodio, de mucha tensión, comporta la expulsión de los monjes de Sant Cugat y la confiscación de su documentación. Pero, a diferencia de la mayoría de abadías, Sant Cugat solo restó bajo la sumisión cluniacense durante un corto periodo de tiempo.
Liberada de Sant Ponç de Tomeres, la abadía, con el apoyo de Ramón Berenguer III, en 1097 acontece el centro de la primera congregación de monasterios catalanes. Sant Cugat, siguiendo el modelo jerárquico de Cluny, reúne bajo su sujeción los monasterios de Sant Llorenç de Munt, Santa Cecília de Montserrat, Sant Salvador de Breda y Sant Pau del Camp, y forma así uno de los dominios eclesiásticos más grandes de los condados catalanes. Si hasta entonces la abadía había tenido un papel secundario en el monaquismo catalán, liderado desde el siglo IX por Ripoll y Cuixà, a partir de ahora Sant Cugat acontece un referente esencial. La congregación de Sant Cugat se mantiene vigente hasta el 1215, cuando en el Concilio IV de Letrán Inocencio III inicia la reforma de los benedictinos y establece la creación de una sola congregación monástica para toda la provincia eclesiástica de la Tarraconense. El 1229 se crea la Congregación Claustral Tarraconense, de la cual Sant Cugat es uno de los monasterios fundadores y en la cual permanecerá hasta 1835.