ravat_FXParcerisses_RecuerdosybellezasdeEspaña_vol1_dePauPiferrer_any1839A finales del siglo XVII, inicios del siglo XVIII, así como se introducen cambios importantes en la iglesia. La cuarta nave se divide en tres capillas dedicadas a San Bartolomé, San Benito y Santa Escolástica, que son adornadas con grandes retablos barrocos. También se reforma la capilla de la Piedad, bajo el órgano.
Después de la guerra de Sucesión, la represión sobre las fortificaciones catalanas lleva a desmochar algunas torres de la muralla y sobretodo a alterar la fachada del antiguo Castillo de Octaviano con la apertura de ventanas y balcones, convirtiéndolo en un Palacio Abacial. El abad Llupià (1728-36) edifica sobre su patio gótico y cubre la antigua escala, planificando su escudo heráldico en el nuevo portal de acceso.
Años después, el abad Bonaventura de Gayolà emprende un ambicioso programa de reformas. Acaba el campanario y hace fundir tres campanas nuevas, trasladando, también, las campanas del reloj que hasta entonces habían estado sobre lo cimborrio. Enladrilla la iglesia con baldosas y las antiguas losas de piedra son reaprovechadas para pavimentar la llotgeta o plaza previa al templo. Transforma la antigua capilla de Todos los Santos en la actual sacristía, donde hace construir un lavamanos de mármol. Ante el estado ruinoso de la Sala capitular gótica, construye una nueva en el espacio de la antigua cocina y parte del refectorio, entonces en desuso, y la transforma en un panteón de monjes, aunque él será enterrado en el coro de la iglesia.
En tiempo del abad Eustaqui de Azara (1782-88), se tapan los viejos fosos perimetrales de las murallas y se dobla el recinto claustral con la edificación de una nueva tapia perimetral que incluye los huertos privados de diferentes cargos monásticos. Finalmente, el abad Josep Gregori de Montero (1788-1815) lleva a cabo la gran reforma del presbiterio de la iglesia con pavimentos de mármol y la balaustrada neoclásica.