Durante la época moderna, el papel del Monasterio y sus abades en dos episodios clave de la historia del país, la Guerra de los Segadores y la Guerra de Sucesión, da cuenta de los vínculos entre la abadía y la vida política y social del Principado.

La asignación de cargos abaciales durante la Guerra de los Segadores (1640-1652) ilustra muy bien el uso que hace la monarquía. Con la revuelta catalana, el país se posa bajo la protección de Francia. En 1642 Luis XIII escogió al fraile agustino Gaspar Sala como abad de Sant Cugat. Sala, destacado ideólogo de la revuelta, escribió La proclamación católica, la obra más representativa de la propaganda política catalana de aquella época; alaba la cultura catalana, critica la política castellana en Cataluña y justifica la posición política del Principado y un acercamiento en Francia. En 1652 se exilia a Perpiñán siguiendo la retirada de las tropas francesas. El 1656 Felipe IV de Castilla escoge Gispert de Amat como abad, para así premiar su fidelidad. Amat había sido monje de Sant Cugat y será entonces abad de Sant Pere de Galligants. Partidario de Felipe IV, había sido encarcelado acusado de conspiración contra las autoridades francesas, bajo las cuales estaba Cataluña. Con motivo de los acuerdos del Tratado de los Pirineos, el 1662, Amat renuncia a la abadía de Sant Cugat para asumir la de Ripoll; Sala recuperará la de Sant Cugat, a pesar de que nunca vuelve al Monasterio y lo gobierna mediante vicarios generales.

La Guerra de Sucesión (1702-1715) comporta un revés notable para el preeminente poder político del Monasterio. En la pugna entre Felipe de Borbón y Carlos de Austria por el trono hispánico, el abad Baltasar de Muntaner se muestra partidario de Felipe, y en 1701 asiste a las cortes de Barcelona, en las cuales le jura fidelidad. Cuando Felipe se retira lo sigue a Madrid, donde muere en 1711. En paralelo, el Principado se va declarante abiertamente austracista. A finales del verano de 1705 llegan las tropas austriacistas para tomar Barcelona en nombre de Felipe de Borbón. El alto mando se instala en el Monasterio de Sant Cugat, próximo a la ciudad y protegido por murallas, para dirigir la operación. Ocupan las casas de la pabordia mayor y la del Penedès, mientras que un contingente de caballería y de infantería ocupa los claustros. El 1713 Carlos de Austria escoge como abad de Sant Cugat a Antoni de Solanell, partidario suyo. Pero una vez acabada la guerra, con el triunfo de Felipe de Borbón, el nuevo rey ordena medidas represoras contra Sant Cugat. En relación con Solanell, secuestra las rentas de la abadía y, a pesar de que no puede despojarlo del cargo, lo expulsa del Monasterio. El abad es acogido en Sant Jeroni del Valle de Hebrón, desde donde dirige el Monasterio de Sant Cugat hasta que puede volver el 1726, pocos antes morir. En cuanto al mismo Monasterio, Felipe V ordena el escombro de una parte de los elementos defensivos – el matacán y las torres de entrada– para evitar ningún nuevo desafío desde la abadía.