Las relaciones del Monasterio con el obispado de Barcelona están llenas de contradicciones y momentos de abierta crisis, a pesar de los estrechos vínculos iniciales. Sant Cugat ha acontecido un monasterio rico en tierras y también en iglesias, ha entrado en competencia con la sede episcopal y actúa casi como una segunda diócesis. El año 1002 la bula de Silvestre II consigna la propiedad de una veintena de iglesias, un número que a finales de siglo se duplica –bula de Urbano II (1098)–. A principios del siglo XII, Sant Cugat ya es, con diferencia, el mayor propietario de iglesias de la diócesis de Barcelona –ostenta la titularidad de una cincuentena de edificios–, solo superado por el mismo obispado. Los privilegios de inmunidad y exención otorgados por Roma, los cuales desvinculan a la abadía de la jurisdicción episcopal, han convertido, de hecho, a los abades de Sant Cugat en los responsables únicos de la gestión y de la administración de sus iglesias, con lo cual se reducen las atribuciones pastorales y económicas de los obispos de Barcelona. Así, derechos como la percepción del diezmo y la primicia o la elección de los sacerdotes, tradicionalmente ligados con los jefes de la diócesis, se encuentran en manos de la abadía. La creación de la congregación de monasterios de Sant Cugat agrava todavía más este hecho. A pesar de los intentos de los obispos de Barcelona por someter el Monasterio a su jurisdicción, la sujeción directa a Roma y la convinença de los condes de Barcelona –particularmente interesados en contrarrestar el poder de la sede episcopal– hacen que la abadía mantenga el control eclesiástico en sus dominios hasta comienzos del siglo XIII. Momento en el cual, el obispado inicia una larga disputa para volver a sujetar el Monasterio.

Durante una primera fase, el Monasterio se somete al obispado. El 1211 el abad Berenguer de Santa Oliva jura obediencia al obispo de Barcelona a la galilea, ante las puertas de la iglesia del Monasterio, y unos días más tarde repite la ceremonia en el Claustro de la catedral. Su sucesor, Ramón de Bañeras, firma una concordia con el obispo para mantener el Monasterio bajo su obediencia, y Arnau de Palou repite el juramento. Pero una parte de la comunidad monástica no ve con buenos ojos este sometimiento y lleva el asunto a Roma. El nuevo abad, Pere de Amenys, en esta línea, intenta liberarse del obispado y apela también al papa. Pero finalmente la sentencia es favorable al obispado y en 1251 devuelven a su jurisdicción todas las iglesias que dependen del Monasterio, excepto la iglesia abacial y San Pedro de Octaviano.