En el siglo XIII el Monasterio logra el punto álgido de crecimiento y, a la vez, empieza a dar señales de debilidad en cuanto a la gestión tanto de la misma comunidad como de las propiedades. Para poner orden en estos dos ejes, en la década de 1220 se inician dos compendios manuscritos, los cuales actualmente son dos fuentes excepcionales para entender el funcionamiento del Monasterio. Se trata del Costumario y el Cartulario de Sant Cugat, que hoy en día se conservan en el Archivo de la Corona de Aragón.
El Costumario recoge por escrito la organización del Monasterio en todo aquello relativo al día a día de la vida de los monjes, la celebración de la liturgia y las tareas de los diferentes cargos monásticos en la administración del Monasterio. Los preceptos benedictinos, de orden amplio, logran aquí el nivel de concreción necesario para la vida del monje de Sant Cugat. El volumen se redacta entre los años 1221 y 1223 por encargo del abad Ramón de Bañeras al monje Pere Ferrer, el cual conoce bien la vida del Monasterio ya que ingresó de pequeño (1174), tuvo cargos de responsabilidad y parece que disfrutó del respeto de la comunidad por su buen juicio. El Monasterio pasa entonces por una situación irregular, con una comunidad dividida en cuanto a la gestión del Monasterio, la observancia de la regla y las relaciones con el obispado. Junto con el espíritu de reforma impulsado desde Roma, el objetivo del Costumario es preservar las costumbres de Sant Cugat y frenar la relajación de la disciplina monástica.
El Cartulario es un códice monumental que refleja la historia de las relaciones entre la abadía y sus tenientes, el proceso de formación del gran dominio señorial. Entre los años 1225 y 1249 los monjes de Sant Cugat copian de manera íntegra en 424 folios de pergamino 1120 escrituras datadas entre los años 904 y 1249: son privilegios reales, bulas papales, donaciones, contratos agrarios, pactos feudales, sentencias judiciales que dan fe de la legalidad del dominio de la abadía. Su confección, durante abadiato de Pere de Amenys, tiene como trasfondo la gran bajada de la renta del Monasterio entre finales del siglo XII y principios del siglo XIII, a causa de las malas cosechas y de la fuga de muchos de sus tenientes hacia las tierras de la Cataluña Nueva. En este contexto, el Monasterio se ve obligado a reordenar la administración y la captación de los censos y a hacer recuento de los derechos que, en concepto de jurisdicción y propiedad, puede exigir a sus hombres. Por el contenido y la extensa cronología que presenta, el Cartulario de Sant Cugat ha acontecido el más importante de los cartularios monásticos de Cataluña.