En el proceso de configuración de la monarquía absoluta, el control de la Iglesia acontece uno de los ejes esenciales de la política de los monarcas, cosa que afecta de una manera directa al gobierno de los monasterios. La sumisión a Roma deja , a partir del siglo XVI, la sumisión a la realeza, que mantiene el privilegio de elección de abad hasta el último momento de la exclaustración, en 1835. Los primeros intentos de intromisión de la realeza en el Principado se producen durante el reinado de Fernando II, que en 1493 sustrae de la Congregación Claustral Tarraconense la abadía de Montserrat para ligarla con la Congregación de la Observancia de Valladolid. Este cambio, realizado con la excusa de la decadencia espiritual de la abadía, esconde un intento más ambicioso de reforma de la Congregación. Aun así, a partir de la cesión del derecho de patronazgo –derecho de presentar los aspirantes a las dignidades eclesiásticas– por parte del papa Adrián VI al rey Carlos I, el 1522, se hace plenamente efectiva la sujeción de los monasterios a la realeza.
Luis de Cervelló, designado por Felipe II en 1561, es el primer abad de Sant Cugat de elección real. La intervención real en el regimiento de la Iglesia, más allá de las intenciones reformadoras, va acompañada de motivaciones estratégicas y económicas. El nombramiento de abades afines a las políticas reales refuerza la monarquía. Por otro lado, Felipe II y sus sucesores practican un expolio sistemático de la renta monástica al mantener durante años parado el nombramiento de abades, dado que las rentas que corresponden al cargo de abad son sustraídas de los monasterios y pasan a la hacienda real durante los periodos vacantes. El derecho de nombramiento, tal como sucede durante el periodo de sujeción a Roma, también permite la fuga de un buen número de rentas hacia la corte, a través de los abades escogidos por los monarcas. Igual que en la mayoría de monasterios, el descontento de Sant Cugat contra esta práctica, expresado reiteradamente en los capítulos de la Congregación Claustral, se expresa también a través de su adhesión a la Diputación del General durante la Guerra de los Segadores (1640).
Una manifestación artística y simbólica del patronazgo real sobre el Monasterio se conserva hoy en día a la capilla de San Benito. Acompañando la imaginería en torno al fundador de la regla benedictina y en torno al castillo de Octaviano, alusión al poder terrenal del Monasterio, encontramos los símbolos reales: las águilas bicéfalas de los Austria y el león de Borbón.